La mayor cantidad de especies vegetales (27.000 aprox.) se encuentra en la región Andina cordillerana, lo que representa un 12% de la riqueza florística global. A su vez, la fauna colombiana es significativa en términos de especies de aves (1.850) y anfibios (700), ostentando en estos ejemplares el primer lugar a nivel mundial; en mamíferos y reptiles, el país ocupa el tercer y cuarto lugar, respectivamente.
Entre las principales amenazas a la diversidad biológica colombiana se cuentan: la deforestación –pérdida de un 30% de la cobertura boscosa-, principalmente en la región Andina y el Chocó biogeográfico; la minería artesanal e industrial; la explotación petrolera; la ampliación de la frontera agrícola, por procesos de colonización espontánea o dirigida; y la contaminación ambiental.
La recolección, organización y uso de información detallada –inventarios de biodiversidad- sobre las especies en Colombia, empezó a realizarse a comienzos de los años noventa del siglo pasado. Tanto la revisión de literatura científica especializada, como las exploraciones biológicas inéditas, han permitido consolidar un registro confiable de biodiversidad a nivel nacional.